我校应用经济学从国际贸易学科开始建设，经过长期努力，2008年，国际经贸研究所成为上海市普通高校人文社科重点研究基地；2009年，上海“贸易中心”创新基地成为上海市哲学社会科学创新基地；2011年，获得一级学科硕士学位点；2012年被上海市教委批准为一流学科（B类）建设学科。
我校应用经济学已经形成了国际贸易学、金融学、产业经济学和区域经济学作为二级重点学科，将新新国际贸易理论研究、金融服务贸易自由化研究和空间技术条件下的区域经济行为作为突破的研究方向，形成三个方向之间既相对独立，又互相影响的应用经济学研究特色。
一、学科基础
第一，本学科围绕国际贸易学、金融学、产业经济学和区域经济学等四个二级学科中的八个研究方向形成了我校应用经济学的研究特色。第二，八个研究方向开始形成学科团队，其特色是学科团队比较稳定，国外著名学者指导并直接参与团队的研究，已经在学科中的国际学术论文报告、国外杂志等领域发表；第三，通过购买数据库和自建数据库相结合的方法，形成了为学术研究进行的数据库支持系统。
通过一流学科建设，进一步凝练学科方向和特色，反映国家进一步对外开放的战略，形成国内外具有重大影响力的学术成果，继续同国外同类高校合作，利用国际资源带动青年教师的快速成长，通过体制、机制创新，培养开放式的创新团队，成为国内一流、国际有影响力的学科。
（1）紧密跟踪国际前沿理论，强化创新团队。我们在原先确定的研究方向和研究团队的基础上，进一步对这些团队进行评估，打造三个国际具有影响力的团队，三个为国内一流的学术团队，培育四个学术团队。
（2）引进和培养创新团队带头人。从2005年起，我们就开始搭建创新团队，2010年以来我们加快了创新团队的搭建，我们在培养创新团队方面的任务是：第一，通过学校之间的合作，强化创新团队的稳定性；第二，团队中重点培养青年教师，给予青年教师出国进修、参加国际会议等方面创造更加良好的环境。
（3）加大自有数据库建设的力度，使贸易文献数据库逐步建设成为国内专业有影响力的数据库。由于国际上应用经济学学科中国际贸易和区域经济学的研究从宏观研究方法转变到微观研究方法，研究异质企业的贸易、投资行为，这样，要研究中国企业的国际贸易、投资行为，必须建立自己的数据库。我们在通过中国高等教育文献保障体系（CALIS）三期专题特色数据库子项目的基础上，与上海市商务委等有关政府部门合作，建立1000家企业的跟踪调查数据，为研究提供微观企业的数据支持。
（4）改善学术环境，创造良好的学术氛围。依托国际经贸学院，强调学院学术委员会在人才、学科、科研三位一体的创新能力提升中的作用，构建学科建设的软、硬环境。第一，以学院为主体，建立学科交流平台，为创新团队提供国际交流的良好环境。学院在与美国杜克大学全球价值链治理中心等研究机构合作的基础上，要进一步拓展与国际贸易组织、同类国外大学合作，形成相对固定的合作机制。第二，通过各种人才培养计划，推动海外著名学者与我校科研人员，特别是青年教师的长期合作机制，建立各种交流机制，推动有影响力成果的形成。第三，学院在出国进修，知名学者进驻学校等方面向创新团队倾斜。第四，与国外知名高校共同培养博士生，以解决目前我校在人才培养方面的缺陷，特别是帮助硕士学位的青年教师通过合作培养，进入创新团队。
二、体制、机制建设
（1）根据不同创新团队的基础，与团队带头人一起设定目标
我们想创新团队的建设目标设定为三种类型：
第一，国际有影响力的标志是（1）在国际经济学领域专业期刊（主要是国际经济学季刊、国际经济学评论、欧洲经济学评论等国外专业一流杂志）发表论文，在学术理论贡献方面具有影响力；（2）参加三大国际贸易国际学术会议，提交会议论文具有一定的影响力（主要是指美国经济学年会、欧洲国际贸易年会和新加坡国际贸易年会）；（3）与海外著名学者共同承担联合国贸易与发展会议等国际组织和国外研究机构基金会的项目；（4）学术带头人成为国家级的“杰出青年”、教育部“长江学者”、教育部新世纪优秀人才等项目。（5）承办国际学术会议，2013年承办全球贸易分析模型GTAP（Global Trade Analysis Project, GTAP）国际会议。
第二，国内一流团队（1）在国际经济学领域专业期刊（主要是发展经济学评论等国外专业二流杂志）发表论文，在学术理论贡献方面具有影响力，在国内主要期刊（中国社会科学、经济研究、世界经济和管理世界等）发表论文；（2）参加三大国际贸易国际学术会议，提交会议论文具有一定的影响力；（3）申请各类国家级项目，主要是国家自然科学基金和国家社科基金项目，包括国际研究项目；（4）学术带头人成为上海市人才计划等项目。
第三，国内有影响力的团队（1）在国际商务领域专业期刊发表SSCI论文，在国内主要期刊（中国社会科学、经济研究、世界经济和管理世界等）发表论文；（3）申请各类国家级项目，主要是国家自然科学基金和国家社科基金项目；（4）学术带头人成为上海市人才计划等项目。
（2）建立短期和长期相结合的创新团队考核机制。学院根据创新团队的目标，与创新团队带头人签署学科建设合同，共同确定每个团队的年度工作计划，学院根据工作计划进行考核，以2年为考核的时间节点，坚决淘汰不合格创新团队。第一，对学科带头人的考核，实行年度工作小结、三年小考，五年大考，年度计划加年度工作总结，这样可以发现问题，解决问题，中期小考，可以看出是否可以完成目标，完成的程度如何，最终的考核是建立在长期跟踪的基础上。第二，因为创新团队以考核学科带头人为主，因而给予学科带头人调整团队成员的权利。在应聘、考核等有关人事权方面给予支持。第三，改变传统的收入分配制度，建立年薪加奖励制度，根据团队年度工作汇报，确定年度的奖励，但不超过总奖励的20%，中期30%，完成任务的，最后获得50%的奖励。
（3）学院为创新团队加强国际交流与合作创造条件。
第一，加强与世界贸易组织、联合国贸易与发展会议等国际组织的合作，这些组织在跨国公司研究、多边、双边等谈判方面起到积极的作用。
第二，加强与国外智库的合作，比如世界经济论坛等。
第三，加强同同类研究中一流学者的合作，特别是研究中国企业方面的专家，这些专家提供研究方法、研究工具等方面会起到重要的作用。
（4）形成协同创新，创新科研工作组织体制。要使创新团队具有国际竞争力，需要学院科研管理体制的创新。
第一，建立与国外同类院校紧密的科研合作业务联系，确定共同的研究方向，共同的研究课题，合作开发数据库等，这需要学院层面签署全面学术合作协议，以学院层面保证项目研究的可持续性。
第二，鼓励创新团队以团队名义申报各类项目，中国以国家社科项目和自然科学项目为主，美国、加拿大、法国等都有各种类型的基金会，共同申报以研究中国问题为主题的项目，学院起到协调和沟通等工作。
第三，强化学院科研后勤服务工作，设立专门的科研管理工作办公室，帮助协调国际交流、全方位合作产生的各种问题。